Одна из важных составляющих научно-исследовательской работы — научные конференции и чтения, регулярно организуемые музеем с участием специалистов из разных городов России и зарубежных стран.

Среди тематических направлений Международной научной конференции «П.И. Чайковский и его наследие в XIX-XXI вв. Забытое и новое» – современные вопросы исследования творчества Чайковского, новые документы и факты о жизненном и творческом пути композитора, история создания и исполнительских интерпретаций его сочинений. Проводится в содружестве с Государственным институтом искусствознания.

Международная научная конференция «Мемориальные музеи в культурном пространстве XIX-XXI вв.» посвящена истории и деятельности мемориальных музеев: проблемам собирания, хранения и реставрации музейных комплексов данного типа; их создателям и хранителям; творческому наследию в музейных интерпретациях; особенностям научно-исследовательских проектов; перспективам развития мемориальных музеев; инновационным технологиям для музейных и выставочных пространств.

С 2021 года в музее стали проходить Чтения по музыкальной текстологии и источниковедению памяти П.Е. Вайдман, на которых рассматриваются следующие темы: архивы композиторов, их современное состояние, проблема изучения; творческий процесс композитора; авторские версии и редакции; публикация музыкального и литературного наследия композиторов; подготовка академических изданий и академических собраний сочинений. Чтения проводятся в партнерстве с Государственным институтом искусствознания.